Der Hauptgrund für die Verwendung eines Can Inline-Filters ist der Schutz vor Giftstoffen. Die Inline-Filter sind für den Einsatz in Innenräumen gedacht und es besteht die Möglichkeit, dass Pilze, Bakterien und Schädlinge versehentlich in die Pflanzen gelangen. Diese Stoffe verbreiten sich dann im Lebensraum. Dies kann sich negativ auf die Gesundheit des Menschen auswirken. Insbesondere die Sporen und Aflatoxine von Pilzen (die in einem feuchten Raum immer vorhanden sind) können bei empfindlichen Personen krankmachend sein. Ein Inline-Filter verhindert die Verbreitung dieser Stoffe.